A székesfehérvári gyülekezet 1824-es megalakulása után magánházaknál kezdődött el a gyermekek tanítása. A Székesfehérvári Református Elemi Népiskola az 1843-as templomépítés során átkerült a templommal szomszédos házba. Az iskola jelenlegi helyén álló házat 1869-ben vásárolta meg az egyházközség, 1884-85-ben közadakozásból építették meg az új iskolaépületet.

Az iskola 1842-1845 között három osztályos volt és egy tanítóval működött.  Az első tanító Szalai Dániel volt. A tanévet két részre osztották: tavaszelőre és nyárutóra. A diákoknak a Keresztyén Kis Kátéból, Hübner: Szent történetéből, Kis Históriából, zsoltárokból, imádságokból, írásból, olvasásból, számvetésből kellett számot adniuk, míg a nagyobbaknak földrajzból és történelemből is jeleskedniük kellett. Az iskolának könyvtára is volt.

Az 1877-es esztendőtől kezdődően az iskola hatosztályossá vált. Az iskolaszék 1899-től két tanítót alkalmazott az iskolában. A diákok fanemesítést, mértant, szépírást, természetrajzot és gazdasági ismereteket is tanultak. Az első világháború az oktatás színvonalát is megtörte, megtiltották a vallásoktatást az iskolában, csak a templomban lehetett hitoktatást tartani.  

Évről évre több tanuló jelentkezett a református iskolába, ezért újabb padok megvásárlására volt szükség. Idővel azonban a termek szűknek bizonyultak, így 1923-ban emeletet építettek az iskolára. A földszinti épületrészen 4 iskolaterem, az emeleten kultúrterem, díszes tanácsterem volt. 1924-ben még pincét is építettek az iskolaépülethez.

Az iskola 1944-ben teljesen használhatatlanná vált, a háborús károk miatt újjá kellett építeni. 1945-ben újra elkezdődött a tanítás.

Az iskolát 1948-ban államosították.

2002. szeptember elsején egy régi álom vált valóra: 54 évnyi kényszerszünet után újra megnyithatta kapuit a Székesfehérvári Református Általános Iskola. Ökumenikus nyitottságú, az evangélium szellemiségétől áthatott intézményként.

Az iskola újraindításáról a korabeli újságok is hírt adtak.